Trong tháng 10 năm 2016, Trung tâm Y tế huyện Phù Ninh đã được thành lập theo Quyết định số 2068/QĐ-UBND ngày 19/08/2016 của Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh. Hiện nay, Trung tâm Y tế huyện Phù Ninh hoạt động với hai chức năng chính, bao gồm dự phòng và điều trị bệnh.